O Ministério da Educação está organizado em três níveis: gabinetes que reportam diretamente à Ministra, direções-gerais que coordenam as áreas de política e direções nacionais e municipais que prestam serviços em todo o país.
Gabinetes que Reportam à Ministra
- Inspeção-Geral da Educação
- Gabinete de Apoio Jurídico
- Gabinete Nacional de Impressão
- Gabinete de Avaliação, Desenvolvimento Curricular e Recursos Pedagógicos
- Gabinete de Relações Públicas e Protocolo
- Gabinete de Parcerias e Cooperação
- Gabinete de Licenciamento, Avaliação e Acreditação
Direções-Gerais
- Direção-Geral de Planeamento, Políticas, Inclusão e Tecnologias de Informação
- Direção-Geral de Administração e Finanças
- Direção-Geral do Ensino Pré-Escolar, Básico e Recorrente
- Direção-Geral do Ensino Secundário
Direções Nacionais
- Direção Nacional do Ensino Pré-Escolar
- Direção Nacional do Ensino Básico
- Direção Nacional do Ensino Recorrente
- Direção Nacional do Ensino Secundário Geral
- Direção Nacional de Finanças e Administração
- Direção Nacional de Aprovisionamento
- Direção Nacional de Recursos Humanos
- Direção Nacional de Sistemas e Tecnologias de Informação
- Direção Nacional de Educação Inclusiva e Ação Social Escolar
- Direção Nacional de Planeamento, Orçamento e Estatística
- Direção Nacional de Infraestruturas Educativas
Direções Municipais de Educação
Os serviços de educação são prestados a nível local através das direções municipais de Aileu, Ainaro, Baucau, Bobonaro, Covalima, Dili, Ermera, Lautém, Liquiçá, Manatuto, Manufahi e Viqueque, bem como dos serviços de educação da Região Administrativa Especial de Oe-Cusse Ambeno.
